Modugno ha una storia che risale a tempi remoti, in quanto il territorio comunale è stato abitato sin dalla
Preistoria. La città, fondata probabilmente nell'
Alto Medioevo, in periodo bizantino, subì le dominazioni
normanna e
sveva sotto le quali il Sud Italia conobbe un periodo di sviluppo. Modugno faceva parte del feudo concesso agli arcivescovi di
Bari. Venne parzialmente distrutta e poi ricostruita nel periodo
angioino. Nella seconda metà del
XIV secolo era un feudo sotto i re
aragonesi i quali concessero la città di Modugno, con
Palo del Colle e
Bari, agli
Sforza. Durante il periodo in cui era ducato sforzesco (e in particolar modo durante il governo di
Isabella d'Aragona e
Bona Sforza), Modugno visse uno dei periodi di suo massimo splendore. Dopo di che si ebbe una rapida decadenza dovuta alla dominazione spagnola durante la quale, tuttavia, la città seppe dimostrare il proprio orgoglio affrancandosi dal giogo feudale tramite il pagamento di un riscatto. La situazione di crisi continuò anche durante le successive dominazioni austriaca e spagnola.
La
Rivoluzione Francese fece sentire i propri effetti anche nel
Regno di Napoli (di cui ovviamente faceva parte Modugno) dove ci fu una insurrezione giacobina che portò alla costituzione della
Repubblica Napoletana. Per contrastare questa Repubblica Napoletana (o Partenopea) si costituì, al comando del card. Ruffo di Calabria, un Esercito della Santa Fede (da cui il nome Sanfedisti) formata da popolani, che voleva far ritornare sul trono il Re Ferdinando IV. Un reggimento di Sanfedisti, per eliminare i simpatizzanti giacobini, attaccarono tutti i paesi della zona e famoso fu l'
Assedio di Modugno. Infatti essendo stato innalzato a Modugno l'albero della libertà (che era il simbolo giacobino della Repubblica Napoletana) il paese fu attaccato dalle truppe dell'Esercito Sanfedista rinforzato dagli abitanti di
Carbonara di Bari e di
Ceglie del Campo (che erano fedeli al Re Ferdinando IV e quindi filoborbonici).
In conclusione le truppe sanfediste ebbero la meglio sull'esercito giacobino e la Repubblica Partenopea fu sconfitta. Dopo un breve periodo di restaurazione dei Borbone, nel 1806, per un decennio, si instaurò un governo filonapoleonico prima con Giuseppe Buonaparte e poi con Gioacchino Murat, dopo di che venne restaurato il Regno Borbonico che durò fino alla invasione sabaudo-piemontese del
1860. A seguito della sconfitta dell'esercito del
Regno delle Due Sicilie Modugno, dal
1861, fu unito al
Regno d'Italia.
